Mungkin karena Domain Authority domain-B.com belum sebagus domain-A.com. Umur domain dan backlink juga cukup berpengaruh terhadap posisi serp di google. CMIIW
Kalo resource vps nya kecil dan terbatas, mending menggunakan command line saja (install webserver manual). Tapi belajarnya lumayan juga buat config webserver kalo sebelumnnya menggunakan shared hosting. Sehingga kalo gk mau ribet, shared hosting lebih baik.
Yupss menyesuaikan target pasar saja bro.. Kalo target visitor Indonesia lebih baik menggunakan server Indonesia, selain dapet lokasi dan akses server yg lebih dekat dan cepat, juga mendapatkan IP Indonesia yg katanya bisa juga meningkatkan seo kalo sama negaranya.cmiiw :)