WHMCS latest(general release) 6.3.1 release 13th Apr 2016
mungkin membantu, coba cek ke admin area lalu ke systemhealthandupdates.php ada di tab "Help->Health & Updates"
biasanya muncul issue2 yang menyebabkan instalasi bermasalah.
untuk database sendiri, mungkin bisa di cek pada "tblemailtemplates" dan permission akun login databasenya.
tapi kalau permission database, apabila ada masalah pada permission insert dan update, biasanya client tidak akan bisa register atau melakukan ordering..
kalau memang berniat, bisa dicoba untuk install ulang WHMCSnya..pastikan configuration.php dan database sudah di backup(referensi:
http://docs.whmcs.com/Restoring_WHMCS)
mungkin master2 yang lain bisa ikut membantu?