Kloxo-MR memiliki mekanisme untuk memproteksi akses ke ssh, ftp, http/https (tergantung web server) dan ke Kloxo-MR panel sendiri. Tindakan yang diperlukan cukup mengganti port ssh, ftp dan panel sendiri (usahakan port baru nilainya nilainya lebih besar daripada 10000; misalnya port ssh diubah dari 22 menjadi 10022).