Kalau memang memungkinkan untuk ssh/scp, gunakan saja scp, hindari ftp.
Lalu, kurangi port yang terbuka, atau kalaupun tidak memungkinkan, batasi penggunaan port tersebut hanya ke beberapa alamat ip saja.
Karena hanya bersifat/bertujuan backup, lebih baik minimalisir aplikasi server yang...