Berdasarkan yang saya baca, dengan menggunakan ccTLD khususnya .id
Menggunakan ccTLD jelas tidak perlu lagi merubah target di Google Webmaster atau menambahkan meta seperti <meta name="country" content="id" /> atau meta bahasa <meta name="language" scheme="rfc1766" content="id-ID" />
Dengan begitu ada keuntungan tersendiri ketika google melakukan index pertama kali pada website anda
Sedangkan untuk website baru yang belum pernah didaftarkan ke google webmaster / google analytic dan menggunakan .com (gTLD) mungkin google butuh waktu berfikir melihat dari data visitor, dari bahasa dll selanjutnya barulah google memutuskan bahwa website anda ternyata dari Indonesia.
tambahan mungkin bermanfaat