Kebanyakan dari penyedia layanan VPS menyediakan layanannya secara unmanaged, secara garis besar dukungan yang diberikan sampai pada jaringan dan hardware.
Artinya selain mengelola web kita di vps, tugas tambahan yang kadang lebih penting adalah mengelola server kita (meskipun virtual), cpanel (whm root akses) menyediakan tools2 sederhana yang membantu kita melakukan pengelolaan server tersebut.
Apabila tidak menggunakan cpanel atau panel lainnya (yang pastinya membutuhkan resource lebih meskipun besarnya berbeda-beda), paling tidak ada beberapa hal yang harus kita pahami (setup dan konfigurasinya);
- Apache atau Web / httpd server lainnya
- MySQL atau database server lainnya
- BIND atau name server lainnya apabila kita menjalankan name server sendiri
Banyak sebenarnya resource terkait hal-hal tersebut di atas di dunia internet, tinggal niat kita mempelajarinya

.
Saran saya sih kalau ragu, coba install server di rumah, sekedar membiasakan diri dulu terhadap lingkungan servernya.
Good luck
