Rasanya penyebabnya di webserver (Apache -?). Misalnya timeout yang terlalu singkat. Bisa juga karena 'komunikasi ' webserver dengan PHP yang tidak berjalan lancar.
karena info yg diberikan cukup terbatas. coba anda kecilkan scope nya supaya mudah analisanya ya. misal dengan :
cek kesehatan server, terutama memory dan cpu nya. better punya statistik berupa grafik. shg bisa dibandingkan,gmn kesehatan server saat error 500 muncul. kalo belum punya monitoring, bisa pakai LibreNMS / cacti / zabbix.