IMHO, masalah tidak bisa diselesaikan dengan trik. Trik hanya digunakan untuk mempercepat selesainya pekerjaan bukan menyelesaikan masalah
Nah, sekarang untuk bisa tau obatnya, saya pikir mas harus tau dulu secara pasti penyakitnya. Memang, seperti halnya manusia, bisa saja coba2 minum obat dan berharap siapa tau obatnya cocok. Tapi ini beresiko.
Kalau server mas itu berupa VPS dan mas tidak pegang kendali terhadap nodeservernya, yang mas bisa lakukan dari 2 hal yang saya sebutkan adalah cek poin kedua. Pastikan tidak ada query2 mewah nan berat seperti itu.
Semoga membantu dan segera selesai masalahnya.